Hội ngộ

Ba năm sau các sự kiện trong Digimon Adventure 02, Taichi Yagami, giờ là một học sinh trung học, thất vọng vì không người bạn nào của cậu có thể đến xem trận đá banh của mình. Vào ngày thi đấu, một con Kuwagamon bất ngờ xuất hiện, làm ảnh hưởng đến các thiết bị điện tử khắp thành phố. Taichi đuổi theo Kuwagamon, nhưng lại bị nó tấn công, khiến thành phố đổ nát. Vào lúc Taichi bị dồn vào chân tường, Digivice của cậu phát sáng và Digimon chiến hữu cũ của cậu, Agumon, xuất hiện và tiến hóa thành Greymon để chiến đấu Kuwagamon. Khi hai con Digimon đi qua các cánh cổng và xuất hiện ở Haneda, Taichi được đi nhờ xe của thầy giáo Daigo Nishijima. Khi có thêm nhiều con Kuwagamon xuất hiện, những Đứa Trẻ Được Tuyển Chọn khác và Digimon chiến hữu của họ,, trừ Joe, cũng tham gia cùng Taichi và đánh bại hai con Kuwagamon, trong khi một bàn tay bí ẩn xuất hiện và tóm lấy con cuối cùng.

Khi những Đứa Trẻ Được Tuyển Chọn điều tra những sự kiện bí ẩn liên quan đến sự xuất hiện của Kuwagamon, được cho là do những nhiễu động trong không gian, Taichi và Yamato ghé thăm Nishijima, là thành viên của một tổ chức chuyên theo dõi các hoạt động của Digimon, đặc biệt là những con Digimon bị lây nhiễm như con Kuwagamon xuất hiện trước đó. Taichi bắt đầu lo lắng rằng mọi người có thể bị hại vì cậu đã trở thành một Đứa Trẻ Được Tuyển Chọn. Ngày hôm sau, một Digimon màu đen bí ẩn tên là Alphamon xuất hiện, dường như nhắm vào một Digimon do Meiko Mochizuki, một cô gái vưa chuyển đến lớp của Taichi, chăm sóc. Vì Alphamon quá mạnh so với các Digimon khác, Yamato thuyết phục Taichi không được chạy trốn khỏi nỗi sợ của mình, và họ đã cùng nhau kết hợp Agumon và Gabumon thành Omegamon, buộc Alphamon phải rút lui. Sau đó, Meiko tiết lộ rằng cô cũng là một Đứa Trẻ Được Tuyển Chọn, và chiến hữu của cô chính là Digimon vừa bị Alphamon truy đuổi, Meicoomon.